本室為行政支援單位，本著服務精神配合校務發展，處理相關會計業務。基於業務需要，會計作業已實施電腦化，節省眾多人力，並提高行政效率，此外，建立本校之「會計制度暨內部管理及稽核作業規章」，防止學校經費之浪費、舞弊及不經濟之使用，期使學校資源發揮最大效用。
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預算編列：每個會計年度結束前，由各單位分別按經常門與資本門提出下一年度預算，本室據以彙整、分配預算，完成全校下一年度預算之編列。
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預算控制：各單位可藉由會計系統查詢預算控制表，俾利各單位執行與控制預算。
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各種帳冊處理：整理與保管原始憑證、記帳憑證、序時帳簿、總分類帳及明細分類帳，並編製各類會計報表報部核備。
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各項經費之核銷：各單位申請購置儀器設備經費及各項事務費用，本室按預算項目負責分類、編目及審核，並編製記帳憑證。
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決算之編造：年度決算由會計師簽證，提交校務會議、董事會通過，再報部核備。
本校財務狀況十分健全，歷年來備受教育部評鑑小組肯定，評鑑成績均名列前茅。最近十年本校校務蓬勃發展，因應改制、改名成為「嘉南藥理大學」，各項大型硬體建設持續進行著，如：游泳池、醫化大樓、食品系館、工安大樓、綜合教學大樓、幼保大樓、圖書館暨國際會議廳、學生宿舍等，收支仍能維持平衡，實屬不易。
健全之財務為發展校務之基礎，往後將秉持一貫的理念，以建立更健全的財務系統、強化財務內部控制及發揮管理會計功能，為本室今後努力的目標。